Protagonist ist der Polizist James Gordon, der relativ neu beim Gotham City Police Department ist. Gemeinsam mit seinem Partner, dem korrupten und zynischen Harvey Bullock, will er es mit der boomenden Unterwelt Gothams aufnehmen. Doch schnell führt ihm der Mord an Thomas und Martha Wayne vor Augen, wie utopisch das ist: Polizei, Politik und Mafia schieben das Verbrechen einem Kleinkriminellen unter, um den Fall möglichst schnell geklärt zu haben. Als Gordon die Zusammenarbeit aufdeckt, wird er von Mafiaboss Falcone gezwungen, seine Treue zu beweisen und seinen indirekten Informanten – Oswald Cobblepot – umzubringen. Gordon folgt diesem Befehl scheinbar, stößt Cobblepot aber nur in das Stadtgewässer. Dieser schleust sich daraufhin inkognito in das Netzwerk des konkurrierenden Mafiabosses Salvatore Maroni ein. Die Major Crimes Unit – bestehend aus den Detectives Montoya und Allen – untersucht allerdings das Verschwinden ihres Informanten und will Gordon wegen dringenden Mordverdachts festnehmen. Da präsentiert sich Cobblepot als quicklebendig, was Falcones Schergen auf Gordon hetzt. Dieser findet in Montoya und Allen zwei Verbündete, und schließlich stellt sich auch Bullock auf seine Seite. Sie werden von Falcone gefangen genommen, dieser lässt sie aber am Leben. In einer nur für den Zuseher ersichtlichen Szene wird klar, dass Falcone und Cobblepot insgeheim zusammenarbeiten – letzterer sorgte als Spion bei Maroni dafür, dass dieser einen lukrativen Grund in Arkham an Falcone abtrat, und ermordete einen Untergebenen Falcones, der putschen wollte. Im Gegenzug bat Cobblepot darum, Gordon am Leben zu lassen.
Gordon schafft es unterdessen, im korrupten Polizeirevier Erfolge zu erzielen – so kann er beweisen, dass der Drogenfahnder Arnold Flass und sein Team in Wirklichkeit selber Drogen verkauften und am Mord eines Mannes beteiligt waren. Polizeichef Loeb scheint jedoch nicht daran interessiert zu sein, die Truppe auf Vordermann zu bringen. Gordon wird gar als Wachmann nach Arkham Asylum beordert und kann erst nach Fassen eines weiteren Verbrechers und auf Betreiben von Captain Sarah Essen wieder zum City Department zurückkehren. In Arkham hat er jedoch die Ärztin Leslie Thompkins kennengelernt, mit der Gordon eine Beziehung beginnt und die als Polizeimedizinerin zum Team stößt.
Neben Gordon und Cobblepot stehen in den ersten Folgen auch Selina Kyle und der junge Bruce Wayne im Fokus. Selina behauptet, den Mord an den Waynes beobachtet zu haben, und kann sich mithilfe ihrer Informationen bei Gordon „freikaufen“, um nicht in eine Jugendstrafanstalt zu kommen. Bruce versucht unterdessen, den wahren Mörder seiner Eltern zu finden, und stößt dabei auf fragwürdige Machenschaften ihrer Firma. Außerdem treten weitere aus den Comics bekannte Charaktere auf, wie der Riddler und Poison Ivy.
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